Wskazania do leczenia uzdrowiskowego obejmują takie choroby, jak np. choroby układu krążenia, choroby układu oddechowego, choroby układu pokarmowego itp.
Mimo iż metody uzdrowiskowe działają łagodnie, pozwalając organizmowi na stopniowe przystosowanie się, nie mogą być stosowane w każdej chorobie. Istnieją choroby, których objawy mogą spotęgować się w wyniku zastosowania metod uzdrowiskowych. Należą do nich np. choroby zakaźne, choroby psychiczne czy nerwice.